Browsing by Author "Cordero Olivares, Julio Cesar"

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  • Tesis de licenciatura
    Acoplamiento molecular proteína-proteína del complejo “Ubiquitina E2 E3/ pRCBTB1/Culina-3"
    (Benemérita Universidad Autónoma de Puebla, 2025) Cordero Olivares, Julio Cesar; Cordero Olivares, Julio Cesar; 0009-0002-5532-7927; Mancilla Simbro, Claudia; 0000-0003-3976-3550; Ramírez Mata, Alberto; 0000-0002-2119-2254
    "Este estudio se enfoca en caracterizar la estructura y función de la proteína RCBTB1, identificar dominios funcionales, analizar sus interacciones proteína-proteína, y evaluar su expresión génica en tejidos oculares mediante herramientas bioinformáticas y análisis ómicos. Se realizó una búsqueda de estructuras molde para los dominios RCC1 y BTB de la proteína RCBTB1 mediante DELTA-BLAST, usando como referencia bases de datos como NCBI, PDB y UniProt (Ubi-E2E3, Cul-3, RBX1) y se construyeron modelos 3D con Modeller, seleccionando el de menor RMSD y ZDOPE. Estos modelos se prepararon y minimizaron con VMD y NAMD para obtener su conformación más estable. Se llevaron a cabo acoplamientos proteína-proteína con el software Hex 8.0 y posteriormente se realizaron minimizaciones adicionales, correcciones moleculares con VegaZZ y Discovery Studio, y análisis quimiométricos con PDBePISA. Finalmente, se calcularon las energías de interacción en las interfaces usando APBS y archivos PQR generados con PARSE. Se modelaron in silico las estructuras de los dominios RCC1 y BTB de la proteína pRCBTB1, así como de las proteínas Ubi-E2E3 y Cul-3, utilizando estructuras experimentales como molde. Se seleccionaron los modelos óptimos con base en los valores de RMSD y ZDOPE, seguidos por procesos de minimización energética para alcanzar conformaciones estables. Los resultados mostraron que el modelo de pRCBTB1 requirió más pasos de minimización por su menor identidad con las estructuras molde. En contraste, Ubi-E2E3 mostró menor variación estructural debido a su alta identidad con el molde experimental. Cul-3, aunque parcialmente modelada, presentó estabilidad aceptable considerando su mayor tamaño y complejidad".