Investigación computacional de agentes capaces de modular al dominio de enlace a nucleótidos cíclicos (CNBD) de los canales HCN (canales regulados por nucleótidos cíclicos activados por hiperpolarización)
Date
2025-01
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Publisher
Benemérita Universidad Autónoma de Puebla
Abstract
"Simulaciones de dinámica molecular (SDM) fueron realizadas para los sistemas CNBD (apo), CNBD/cAMP y CNBD/cGMP con una escala de tiempo mayor a 500 nanosegundos en cada caso. Para ello, tres estructuras representativas (correspondientes a 0, 250 y 500 nanosegundos, respectivamente) fueron sometidas a un algoritmo de propagación de perturbaciones. Los resultados fueron comparados y, tras excluir los valores de tiempo y cadenas para los cuales había una diferencia estadísticamente significativa (según pruebas de ANOVA y de t de Student), se obtuvo un promedio. Hecho lo anterior, fueron escogidos algunos de los valores intensidad de acoplamiento alostérico más importantes (ACI hotspots), y luego se definió, para cada sistema, el sitio alostérico más relevante. Posteriormente se determinó, mediante el software Ohm, cuáles eran las vías alostéricas más probables y los residuos críticos en dichas vías. Se procedió haciendo un análisis de los residuos críticos principales".
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