Estudio computacional de la contribución de las subunidades del ADN a la estructura espacial de la hélice doble
Date
2024-01
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Benemérita Universidad Autónoma de Puebla
Abstract
"En el presente trabajo se hará un análisis conformacional de subunidades de hélice doble del ADN, en particular de nucleósidos. Se usarán dos conjuntos de métodos principales para realizar la optimización geométrica de estas estructuras: el método de Mecánica Molecular usando diferentes campos de fuerzas implementados en el software AMBER, en particular BSC1, FF99 y OL15, y utilizando también el campo de fuerzas CHARMM; y el método de Mecánica Cuántica, usando la Teoría de Perturbación de Möller-Plesset y la Teoría de Densidad de Funcionales, con conjuntos base y funcionales diferentes, respectivamente. Además, se incluirán estudios de trayectorias con Dinámica Molecular (DM) de los diferentes nucleósidos en condiciones ambientales usando el software AMBER y cálculos considerando agua como solvente implícito siguiendo el método de solvatación de Generalized Born. También se harán estudios estructurales de nucleósidos modificados, en particular nucleósidos de isocitosina, 5-metilcitosina, uracilo, 8-oxoguanina, 8-oxoadenina y de hipoxantina, y derivados de la citosina. En general, la coherencia de los resultados es notable, ya que, para la mayoría de las estructuras consideradas, los diferentes métodos arrojan resultados similares. Sin embargo, se observa una discrepancia notable en el caso de la desoxicitidina, donde la clase conformacional más favorable varía según el método utilizado".
Description
Keywords
Citation
Collections
Document Viewer
Select a file to preview:
Can't see the file? Try reloading