Comparación de los modelos mecánico moleculares y sus modificaciones para la investigación de los fragmentos de los ácidos nucleicos

Simple item page
dc.audiencegeneralPublic
dc.contributorPoltev, Valeri
dc.contributorDeriabina, Alexandra
dc.contributor.advisorPOLTEV, VALERI; 19531
dc.contributor.advisorDERIABINA, ALEXANDRA; 242607
dc.contributor.authorRuiz Millán, Andrea
dc.creatorRUIZ MILLÁN, ANDREA; 737457
dc.date.accessioned2019-05-24T14:51:27Z
dc.date.available2019-05-24T14:51:27Z
dc.date.issued2018-01
dc.description.abstract"En esta tesis se estudiaron los cdDMPs de las conformaciones para la familia B neutralizados con iones de sodio, aplicando el método de la mecánica molecular (MM) y empleando los tres campos de fuerzas (CF): FF99, OL15 y BSC1 del programa AMBER16. Las optimizaciones se realizaron para diferentes secuencias cdDMPs, neutralizando las cargas negativas de los grupos fosfato con iones de sodio. Las características estructurales de los fragmentos mínimos de la doble hélice obtenidas mediante AMBER, en general son parecidas a las características obtenidas mediante el método DFT y a los fragmentos de ADN construidos experimentalmente. Al considerar un número mayor de secuencias de nucleósidos, es necesario eliminar las influencias de las interacciones sodio sodio, por lo que se propusieron tres esquemas de modificación de las cargas en el esqueleto azúcar-fosfato para neutralizar su carga. Éstas se utilizaron para los cálculos de dos, tres, cuatro, cinco y seis pares de nucleósidos. Los resultados obtenidos para los cdDMPs son similares a los obtenidos con iones de sodio. Se encontró que las estructuras obtenidas para la secuencia dApdA:dTpdT con el CF FF99 pertenecen a la familia BI, mientras que algunos cdDMP optimizados con los CF OL15 y BSC1 presentan cambios a la conformación BII."
dc.folio026118T
dc.formatpdf
dc.identificator1
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12371/981
dc.language.isospa
dc.matricula.creator216470085T
dc.publisherBenemérita Universidad Autónoma de Puebla
dc.rights.accesopenAccess
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4
dc.subject.classificationCiencias Físico Matemáticas y Ciencias de la Tierra
dc.subject.lccÁcidos nucleicos
dc.subject.lccBiomoléculas--Simulación por computadora
dc.subject.lccDinámica molecular
dc.thesis.careerMaestría en Ciencias (Física Aplicada)
dc.thesis.degreedisciplineÁrea de Ingeniería y Ciencias Exactas
dc.thesis.degreegrantorFacultad de Ciencias Físico Matemáticas
dc.titleComparación de los modelos mecánico moleculares y sus modificaciones para la investigación de los fragmentos de los ácidos nucleicos
dc.typeTesis
dc.type.conacytmasterThesis
dc.type.degreeMaestría
dc.viewer.xml/visorXML/index.html?code=026118T
Files
Original bundle
Now showing 1 - 1 of 1
Thumbnail Image
Name:
026118T.pdf
Size:
5.88 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Download
Collections
Tesis de Maestría