Estudio computacional de las regularidades conformacionales de fragmentos de hélice doble del ADN con secuencias de Purina-Purina
Date
2021-06
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“El ADN es el biopolímero más importante para la vida. En él vienen inscritas todas las instrucciones para el correcto funcionamiento de las células. Se trata de una molécula químicamente simple, aunque de gran diversidad estructural y sumamente flexible, esto le permite, entre otras cosas, los medios para su empaquetamiento dentro del núcleo de la célula. En los últimos años se han hecho estudios para comprender mejor sus características estructurales y sus mecanismos de regulación. En concreto la estructura más estudiada es el dúplex de ADN con cadenas antiparalelas del modelo de Watson y Crick (familias A y B). Sin embargo, dada su flexibilidad la molécula de ADN puede presentarse en una gran cantidad de conformaciones que ayuda en las diferentes funciones de los ácidos nucleicos. Por tanto, en este trabajo de tesis se realizó un estudio mecánico computacional sobre las regularidades estructurales de clases conformacionales selectas de estructuras con pares de nucleósidos de Watson-Crick y diferentes regiones de ángulos de torsión utilizando métodos de mecánica molecular (MM) con ayuda del software AMBER y sus tres campos de fuerzas (CF) BSC1, OL15 Y FF99, especializados en ácidos nucleicos. Para ello se buscaron y optimizaron fragmentos de desoxidinucleósido monofosfato complementario (cdDMP) con secuencias Purina-Purina:Pirimidina-Pirimidina, neutralizando las cargas con iones Na+”.
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