Comparación de los modelos mecánico moleculares y sus modificaciones para la investigación de los fragmentos de los ácidos nucleicos
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2018-01
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Benemérita Universidad Autónoma de Puebla
Abstract
"El ADN es la molécula que contiene las instrucciones para el funcionamiento celular, por lo tanto, es de gran importancia comprender su estructura molecular. Las características estructurales que poseen los dúplex de Watson y Crick se han estudiado anteriormente por diversos grupos. En particular, el grupo de Poltev mostró, usando el método DFT, que estas características están predeterminadas en la estructura molecular de los fragmentos mínimos del ADN: desoxidinucleósido monofosfato complementario (cdDMP). En esta tesis se estudiaron los cdDMPs de las conformaciones para la familia B neutralizados con iones de sodio, aplicando el método de la mecánica molecular (MM) y empleando los tres campos de fuerzas (CF): FF99, OL15 y BSC1 del programa AMBER16. Las optimizaciones se realizaron para diferentes secuencias cdDMPs, neutralizando las cargas negativas de los grupos fosfato con iones de sodio. Las características estructurales de los fragmentos mínimos de la doble hélice obtenidas mediante AMBER, en general son parecidas a las características obtenidas mediante el método DFT y a los fragmentos de ADN construidos experimentalmente".
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