Análisis de las interacciones moleculares experimentales y simuladas entre albúminas u otros receptores y sus ligandos
Date
2021-06
Authors
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Publisher
Benemérita Universidad Autónoma de Puebla
Abstract
“En el presente trabajo, se estudiaron las interacciones electrónicas y estéricas de las interfaces ligando/receptor predichas por el programa de acoplamiento, el cual yuxtapone la posición y conformación del ligando formando dos fenómenos en el acoplamiento molecular: electrónico y estérico en el sitio de interacción nativo del receptor. Los resultados demuestran que el programa tiende a posicionar indirectamente el ligando en la cavidad del receptor hacia enlaces π - catión, halógenos y otros tipos de puentes de hidrógeno en las estructuras analizadas formando el fenómeno de acoplamiento molecular electrónico. Por otra parte, los resultados del análisis estérico demuestran que en la predicción de las coordenadas del ligando en la cavidad del receptor determinado por el programa de acoplamiento, tiende a incrementar el área de interfaz y disminuir el volumen que hay entre el ligando y la cavidad. Los métodos diseñados para determinar patrones de interacción en la interfaz ligando/receptor elucidaron residuos y características específicas en las cavidades de los receptores de albúmina de suero humano y la proteasa principal del SARS Cov-2, los cuales son piezas claves en la interacción con diversos ligandos y podrían contribuir en investigaciones a futuro en estudios de súper computo de dinámicas moleculares, estudios in vitro en biología molecular, entre otras áreas”.
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