Análisis de la relación clonal e identificación de genes asociados a resistencia a rifaximina o producción de serin-betalactamasas a través de la secuenciación del genoma completo en cepas de Escherichia coli aisladas de biopsias de pacientes con enfermedad inflamatoria intestinal
Date
2025-06
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Publisher
Benemérita Universidad Autónoma de Puebla
Abstract
"Este estudio analiza la Enfermedad Inflamatoria Intestinal (EII) en México y su relación con Escherichia coli, específicamente el patotipo Adherente/Invasivo (AIEC), destacando cepas resistentes a rifaximina y betalactámicos, lo que complica el tratamiento. Se analizaron 16 cepas de un paciente con Colitis Ulcerosa Crónica Indeterminada (CUCI), 19 de un paciente con Colitis Crónica y Diverticulitis, y una de un paciente con CUCI. La relación clonal se determinó mediante Electroforesis en Gel de Campos Pulsados (PFGE) y la secuenciación genómica de seis cepas mediante MinION Nanopore 100x. Se identificaron mutaciones en rpoB asociadas a resistencia a rifaximina, genes de serin-betalactamasas y factores de virulencia AIEC, comparándolos con genomas de bases públicas. Las cepas de los pacientes uno y tres pertenecieron al filogrupo A, y las del paciente dos al filogrupo F. Cepas productoras de BLEE del paciente uno se agruparon en seis clados, y las resistentes a rifaximina de los pacientes dos y tres en nueve. Los genes blaTEM, blaOXA, blaCTX-M y blaCTX-M15 predominaron en el paciente uno, mientras que las cepas del paciente dos presentaron mutaciones S574Y y Q513L en rpoB y genes de virulencia chuA y ratA. La diversidad filogenética y la agrupación por origen reflejan la complejidad genética de E. coli AIEC. Se concluye que el monitoreo epidemiológico en México es fundamental para comprender la diversidad genética de bacterias vinculadas a EII y su potencial clínico y ambiental".
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